血液基因組DNA提取試劑盒的應用
一、背景
血液基因組DNA提取試劑盒采用可以特異性結合DNA的離心吸附柱和獨特的緩沖液系統,提取全血基因組DNA。離心吸附柱中采用的硅基質材料為新型材料,能夠高效、專一吸附DNA,可最大限度去除雜質蛋白及細胞中其他有機化合物。提取的基因組DNA片段大,純度高,質量穩定可靠。使用試劑盒提取的基因組DNA可用于各種常規操作,包括酶切、PCR、文庫構建、Southern雜交等實驗。
二、使用方法
1、樣本處理(1.5 ml EP管中處理)
抗凝全血:吸取200~500μl抗凝全血加入到800 ul紅細胞裂解液中上下顛倒混合均勻,13000rpm離心30s,去上清,留細胞沉淀,用50μl水重懸細胞沉淀。
淋巴細胞分離液分離出的白細胞:直接吸取50μl白細胞。
有核紅細胞抗凝全血(禽血):吸取5μl抗凝全血加入到50μl無菌水中,漩渦震蕩混合均勻。
2、向上述準備好的樣品溶液中加入100μl gDNA LB1和20μl蛋白酶K漩渦混合均勻10s,56℃水浴鍋中消化5min。
3、加入700μl gDNA BB2漩渦震蕩混合均勻1min,13000rpm離心3min。
4、將上清液倒入到吸附柱中,13000rpm離心1min。
5、倒掉廢液。向吸附柱中加入500μl Washing Buffer,13000rpm離心15s。重復此步驟一次。
6、將吸附柱重新放回離心機,13000rpm空離心2min,將殘留的乙醇徹底甩干。
7、將吸附柱芯放入到1.5ml收集管中,向吸附柱芯中加入60~150μl DNA Elution Buffer(DNA Elution Buffer預熱到65℃將提高洗脫產量),室溫放置1min,13,000rpm離心1min,洗脫液即為基因組DNA,冷凍保存。
三、應用
用于非小細胞肺癌患者血液循環DNA含量及完整性的研究:
腫瘤患者血液中的游離DNA(cell free DNA,cfDNA)包括循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA),主要來源于細胞的凋亡和壞死。血液循環中的癌細胞和遠處轉移的癌細胞同樣釋放cfDNA,可以通過檢測cfDNA含量來估算腫瘤負荷、評價治療效果。DNA的完整性(Integrity)有別于非腫瘤人群是腫瘤患者cfDNA的另一個顯著特征。
目前定量常用PCR方法,第一步需要提取血液循環DNA,這是一個極容易產生誤差的步驟。即便不考慮操作者的因素,提取方法和試劑的不同就會造成巨大誤差。目的研究一種方法,不經過DNA提取步驟,直接對血液中的循環DNA進行定量,可以去除DNA提取試劑盒和操作人員差異造成的DNA提取誤差。方法通過提取和免提取cfDNA直接定量的兩種方法來對比檢測cfDNA,比較兩者的擴增效率,精密度及準確度。
結果通過特殊的技術工藝處理,可以直接用血清進行定量PCR,不影響PCR反應,擴增效率與提純DNA一致,可精確檢測出低至ng水平的血清游離DNA,檢測范圍1-10000ng/ml,本方法具有較高的準確度及精密度。相比先用試劑盒提取cfDNA,在定量結果的穩定性、重復性等方面都有顯著改善。
非小細胞肺癌患者cfdna含量及完整性的研究背景近年來,血液循環dna(cfdna)作為一種潛在的腫瘤標志物已經受到越來越多人的關注,因為它的檢測創傷很小而且方便,所以比較容易被人們接受。cfdna的水平在健康人和良性疾病病人中較低,但是在非小細胞肺癌患者的血液中有非常明顯的增加。癌癥病人的循環腫瘤dna的完整性也是其重要特征之一。因此聯合cfdna的含量和完整性可能是診斷癌癥的一個很好的指標。
血液基因組DNA提取試劑盒采用可以特異性結合DNA的離心吸附柱和獨特的緩沖液系統,提取全血基因組DNA。離心吸附柱中采用的硅基質材料為新型材料,能夠高效、專一吸附DNA,可最大限度去除雜質蛋白及細胞中其他有機化合物。提取的基因組DNA片段大,純度高,質量穩定可靠。使用試劑盒提取的基因組DNA可用于各種常規操作,包括酶切、PCR、文庫構建、Southern雜交等實驗。
二、使用方法
1、樣本處理(1.5 ml EP管中處理)
抗凝全血:吸取200~500μl抗凝全血加入到800 ul紅細胞裂解液中上下顛倒混合均勻,13000rpm離心30s,去上清,留細胞沉淀,用50μl水重懸細胞沉淀。
淋巴細胞分離液分離出的白細胞:直接吸取50μl白細胞。
有核紅細胞抗凝全血(禽血):吸取5μl抗凝全血加入到50μl無菌水中,漩渦震蕩混合均勻。
2、向上述準備好的樣品溶液中加入100μl gDNA LB1和20μl蛋白酶K漩渦混合均勻10s,56℃水浴鍋中消化5min。
3、加入700μl gDNA BB2漩渦震蕩混合均勻1min,13000rpm離心3min。
4、將上清液倒入到吸附柱中,13000rpm離心1min。
5、倒掉廢液。向吸附柱中加入500μl Washing Buffer,13000rpm離心15s。重復此步驟一次。
6、將吸附柱重新放回離心機,13000rpm空離心2min,將殘留的乙醇徹底甩干。
7、將吸附柱芯放入到1.5ml收集管中,向吸附柱芯中加入60~150μl DNA Elution Buffer(DNA Elution Buffer預熱到65℃將提高洗脫產量),室溫放置1min,13,000rpm離心1min,洗脫液即為基因組DNA,冷凍保存。
三、應用
用于非小細胞肺癌患者血液循環DNA含量及完整性的研究:
腫瘤患者血液中的游離DNA(cell free DNA,cfDNA)包括循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA),主要來源于細胞的凋亡和壞死。血液循環中的癌細胞和遠處轉移的癌細胞同樣釋放cfDNA,可以通過檢測cfDNA含量來估算腫瘤負荷、評價治療效果。DNA的完整性(Integrity)有別于非腫瘤人群是腫瘤患者cfDNA的另一個顯著特征。
目前定量常用PCR方法,第一步需要提取血液循環DNA,這是一個極容易產生誤差的步驟。即便不考慮操作者的因素,提取方法和試劑的不同就會造成巨大誤差。目的研究一種方法,不經過DNA提取步驟,直接對血液中的循環DNA進行定量,可以去除DNA提取試劑盒和操作人員差異造成的DNA提取誤差。方法通過提取和免提取cfDNA直接定量的兩種方法來對比檢測cfDNA,比較兩者的擴增效率,精密度及準確度。
結果通過特殊的技術工藝處理,可以直接用血清進行定量PCR,不影響PCR反應,擴增效率與提純DNA一致,可精確檢測出低至ng水平的血清游離DNA,檢測范圍1-10000ng/ml,本方法具有較高的準確度及精密度。相比先用試劑盒提取cfDNA,在定量結果的穩定性、重復性等方面都有顯著改善。
非小細胞肺癌患者cfdna含量及完整性的研究背景近年來,血液循環dna(cfdna)作為一種潛在的腫瘤標志物已經受到越來越多人的關注,因為它的檢測創傷很小而且方便,所以比較容易被人們接受。cfdna的水平在健康人和良性疾病病人中較低,但是在非小細胞肺癌患者的血液中有非常明顯的增加。癌癥病人的循環腫瘤dna的完整性也是其重要特征之一。因此聯合cfdna的含量和完整性可能是診斷癌癥的一個很好的指標。
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